O Conselho Nacional do SESI - órgão normativo superior da instituição - discute, estabelece as metas e define seus programas, aprovando o orçamento do Departamento Nacional e dos Departamentos Regionais, bem como fiscaliza sua execução. O Conselho é composto por um presidente, nomeado pelo presidente da República; pelo presidente da CNI; pelos presidentes das Federações das Indústrias de todos os Estados; por um representante do Ministério do Trabalho e Emprego; por um representante do Instituto Nacional do Seguro Social - INSS; por um representante de categoria assemelhada e por seis representantes dos trabalhadores da indústria, indicados pelas suas confederações e centrais sindicais (Decreto nº 5.720 de 16 de março de 2006).